Tras su primer período de formación, bajo el nombre de Museo de la Solidaridad (1971-1973), y su segundo período de desarrollo en el extranjero con donaciones de artistas internacionales y chilenos en el exilio, bajo el nombre de Museo Internacional de la Resistencia Salvador Allende (MIRSA, 1975-1990), el museo se reinstala en Chile con el retorno a la democracia en 1991, con su nombre actual, Museo de la Solidaridad Salvador Allende (MSSA), reuniendo los fondos de colección donados durante ambos periodos: ‘Solidaridad’ y ‘Resistencia’. El fondo ‘Solidaridad’ fue traspasado como patrimonio del Estado y el fondo ‘Resistencia’ -cuyo traslado de obras a Chile se inició en 1991, extendiéndose hasta 2006- quedó como propiedad de la Fundación Salvador Allende (FSA). En 2005 ésta la donó al Estado y se creó la Fundación Arte y Solidaridad (FAS), actual encargada de administrar, difundir, investigar y resguardar esta valiosa colección pública.
Desde 1990 se han incorporado a la colección alrededor de 1.105 obras que desde distintas miradas adhieren a los principios fundacionales del museo: fraternidad, arte y política. La mitad de ellas corresponden a artistas chilenos, tanto contemporáneos como de aquellos que no pudieron donar al museo en sus etapas anteriores. Entre los donantes figuran Juan Downey, Valentina Cruz, Alfredo Jaar, Luz Donoso, Gustavo Poblete, Félix Maruenda y Mónica Bengoa. La otra mitad corresponde a artistas extranjeros contemporáneos o artistas cuyas obras fueron perdidas en los periodos fundacionales ‘Solidaridad’ y ‘Resistencia’ y han vuelto a donar obras de esos años o actuales. Liliana Porter, Pablo Genovés, Yoko Ono, Carl Andre y Meret Oppenheim, son algunos de ellos.